Uniconta har følgende begrænsninger i forhold til imports, rapporter og systemkonti osv.:
Filimport
Man kan ikke importere filer over 20mb i Uniconta.
Rapportgenerator
Rapporter skal være under 1MB.
Billederne i en rapport kan ikke fylde mere end 500kb.
Systemkonti
Uniconta's 'Øredifference'-systemkonto kan kun håndtere op til kr. 327,00 i øredifference.