Uniconta arbejder med et økonomisk og et fysisk lager.
Det fysiske er lig med bogførte lagerposter. Det vil siger lagerposter der er faktureret eller fakturamodtaget. Økonomisk lager kan også opdateres via lagerkladden.
Det fysiske lager indeholder det økonomiske lager plus bekræftede salg- og indkøbsordre.